Cancer de la prostate: le Big Data ouvre 80 nouvelles cibles médicamenteuses
Dans la plus grande étude d'analyse de la génétique du cancer de la prostate, les scientifiques trouvent pas moins de 80 nouvelles cibles médicamenteuses potentielles. Le projet ouvre de larges voies pour la conception de nouveaux traitements.
Extraire des données génétiques était, jadis, une tâche lourde et incroyablement longue.
Cependant, à mesure que la technologie continue de s'améliorer, le travail est devenu beaucoup plus rapide et meilleur marché.
En parallèle, les outils disponibles pour gérer de grands ensembles de données se sont considérablement améliorés.
Pris ensemble, cela signifie que les océans d'informations récoltées à partir du code génétique peuvent être analysés, cartographiés et combinés avec une relative facilité pour fournir un nouveau niveau de clarté.
Récemment, une équipe internationale a utilisé cette double approche d'analyse ADN et de mégadonnées pour se plonger dans la génétique du cancer de la prostate. À la recherche de fissures moléculaires dans l’armure de la maladie, la recherche a été orchestrée par l’Institute of Cancer Research de Londres, au Royaume-Uni.
Défis du cancer de la prostate
Le cancer de la prostate est le deuxième cancer le plus fréquent chez les hommes aux États-Unis. Cette année, aux États-Unis, il y aura environ 164 690 nouveaux cas de cancer de la prostate et près de 30 000 décès dus à la maladie.
Bien que les chercheurs aient progressé dans la compréhension et le traitement du cancer de la prostate, il existe encore un certain nombre de difficultés.
Comme l'explique le professeur Rosalind Eeles, responsable de l'étude, «L'un des défis auxquels nous sommes confrontés dans la recherche sur le cancer est la complexité de la maladie et le grand nombre de façons dont nous pourrions la traiter.»
La Dre Justine Alford, de Cancer Research U.K., décrit un autre problème dans l'étude et l'intervention dans le cancer de la prostate.
«L’un des principaux obstacles à la poursuite des progrès contre le cancer de la prostate, explique-t-elle, est le manque de moyens de prédire avec précision l’évolution de la maladie d’une personne, ce qui rend difficile de savoir quel traitement convient le mieux à chaque patient.»
Récolter des données génétiques
Pour aborder le problème sous une nouvelle direction, les chercheurs ont pris les informations génétiques de 112 hommes atteints d'un cancer de la prostate et les ont combinées avec des données provenant d'une série d'autres études. Au total, des échantillons de 930 patients ont été utilisés.
En utilisant les dernières techniques de Big Data, l'équipe a recueilli de nouvelles informations sur les changements génétiques qui déclenchent le développement et alimentent la progression du cancer de la prostate. Une fois qu'ils ont compris quels gènes étaient impliqués, ils ont pu créer une carte des protéines codées par ces gènes.
Ensuite, ils se sont tournés vers une base de données appelée canSAR, qui combine des données d'études, applique l'apprentissage automatique et aide à fournir un aperçu de la découverte de médicaments.
Sur leur site Internet, canSAR explique les questions auxquelles sa base de données vise à répondre: «Que sait-on d'une protéine, dans quels cancers est-elle exprimée ou mutée, et quels outils chimiques et modèles de lignées cellulaires peuvent être utilisés pour sonder expérimentalement son activité? Que sait-on d'un médicament, de son profil de sensibilité cellulaire et de quelles protéines se lie-t-il pour expliquer une bioactivité inhabituelle? »
Les scientifiques ont découvert que 80 des protéines qu'ils avaient découvertes étaient des cibles médicamenteuses potentielles. Et, 11 d'entre eux ont été ciblés par des médicaments existants, et sept autres pourraient être ciblés par des médicaments déjà en cours d'essais cliniques.
Leurs résultats sont publiés cette semaine dans la revue Génétique de la nature.
«Notre étude a appliqué des techniques de pointe dans l'analyse des mégadonnées pour débloquer une mine de nouvelles informations sur le cancer de la prostate et les moyens possibles de lutter contre la maladie.»
Prof. Rosalind Eeles
Regard vers le futur
Les découvertes nécessiteront une étude plus approfondie avant de pouvoir être utilisées en clinique, bien sûr, mais elles offrent une gamme de nouvelles possibilités.
Comme l'explique le co-auteur, le professeur Paul Workman, «cette étude a découvert un nombre remarquablement grand de nouveaux gènes qui stimulent le développement du cancer de la prostate et nous a donné des informations vitales sur la manière d'exploiter la biologie de la maladie pour trouver de nouveaux traitements potentiels. "
Il espère que leur travail «stimulera une vague de nouvelles recherches sur les changements génétiques et les cibles médicamenteuses potentielles [qu'ils] ont identifiées, dans le but que les patients en bénéficient le plus rapidement possible».
Une autre pierre d'achoppement pour la conception des traitements du cancer de la prostate est la façon dont la maladie évolue différemment chez chaque individu. Cela rend beaucoup plus difficile de décider quelles options de traitement sont les mieux adaptées à chaque patient.
Le Dr Alford espère que «[b] y améliorant considérablement notre compréhension de la génétique de la maladie, […] à l'avenir, ces connaissances pourraient aider les médecins à mieux adapter les traitements au cancer d'un individu et, espérons-le, voir plus de personnes survivre à leur maladie. "
Ce sont les premiers jours, mais les résultats qui découleront de la prochaine génération d'études pourraient transformer le domaine.
